Аркадия моей юности: Бесконечный путь SSX

События разворачиваются после поражения в войне против Империи Иллюмидус, которая порабощает и уничтожает обитаемые планеты. Земля полностью перешла под контроль инопланетных захватчиков. Капитан Харлок и его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с Земли. Иллюмидус не ограничились этим - Харлок, Тотиро и Эмеральда были внесены в розыск под кодовыми номерами S-00999, S-00998 и X-00001 соответственно.

Помимо противостояния Империи, главные герои вынуждены сражаться с людьми, которые охотятся за вознаграждением, назначенным за их поимку. Несмотря на то, что они остались единственными защитниками Земли, им приходится действовать в условиях, когда значительная часть населения планеты участвует в их преследовании. Герои продолжают свой путь, пытаясь сопротивляться как захватчикам, так и охотникам за головами.