Действие происходит в Сибуе, Япония, в 2008 году. Главный герой Такуми Нисидзё — ученик средней школы, увлекающийся аниме и видеоиграми. Он проводит большую часть времени в вымышленном мире вместе с Сэйрой, персонажем любимого аниме-сериала. Такуми сознательно избегает информации о реальных событиях, в частности о серии загадочных убийств, известных как «Нью Ген», которые происходят в районе Сибуя. Тема убийств активно обсуждается как в городе, так и в интернете. Такуми получает от собеседника

Дзюнъити Нагасэ по пути в школу вступается за незнакомую девушку, к которой пристают хулиганы. Из-за возникшего недопонимания он целует её перед всем классом. Девушка, не разобравшись в ситуации, наносит Дзюнъити сильный удар, от которого он теряет сознание. Впоследствии выясняется, что эта девушка - Юхи Катагири, новая ученица, переведённая в его школу. К удивлению Дзюнъити и его младшей сестры Минато, родители уже договорились о помолвке между ними. Юхи не желает выходить замуж за Дзюнъити,

Дзин Микурия просит знакомого принести часть спиленного священного дерева. Из этой заготовки он намеревается вырезать поделку для школьного проекта. Вспоминая образ девушки, который видел в детстве в синтоистском храме, Дзин создает деревянную статую. Когда он собирается отвезти ее в школу, то замечает, что статуя пустила корни в землю. Спустя несколько мгновений статуя превращается в девушку по имени Наги. Она оказывается синтоистским духом — хранительницей деревни. Наги недовольна тем, что ее

В первый учебный день в старшей школе академии Камидзоно ученицы Аюми Нономура и Тацуки Иидзука не могут найти дорогу в большом кампусе. Во время поисков они встречают Торако Кагэяму и её подругу Судзумэ Саотомэ. Торако проявляет инициативу и вовлекает новых знакомых в различные ситуации. Под влиянием Торако героини постепенно сталкиваются с бытовыми и учебными трудностями. Сюжет строится вокруг их повседневной жизни в школе и дома, где они учатся решать проблемы и адаптироваться к изменениям.

Утау Хошина (Utau Hoshina) покинула агентство Истер и начала сольную карьеру. Истер ввел против неё бойкот, что создало дополнительные трудности для продвижения. Икуто Цукиёми (Ikuto Tsukiyomi) остался работать в Истер, чтобы обеспечить безопасность сестры. В агентстве появилась новая участница - Лулу де Морсерф (Lulu de Morcerf), которая вместо Х-яиц использует вопрос-яйца. Применение этих яиц вызывает у их обладателя состояние одержимости. Тадасэ Хотору (Tadase Hotori) и Аму Хинамори (Amu

Дополнительные эпизоды 14 и 15 продолжают сюжет основного сериала. Персонажи из Второго отдела отправляются в поездку на Сицилию. Остров становится местом их временного пребывания, связанного с определёнными целями. Девушки вовлекаются в изучение местных особенностей и контактируют с жителями. В ходе визита выясняется, что Сицилия содержит ряд скрытых аспектов, относящихся к её истории и настоящему. Некоторые из этих аспектов влияют на ход событий. Персонажи сталкиваются с необходимостью

Ю Химура — прилежный, усердный юноша, намеревающийся и впредь единолично возглавлять рейтинги успеваемости и достижений академии Отова. Однажды он встречает загадочную девушку по имени Юко Амамия [雨宮優子], которая, к вящему его удивлению, узнаёт его, будто бы встречалась с ним раньше. Воспоминания отдалённого детства, воспоминания, намеренно оставленные в забытьи... Новая встреча с Юко заставляет Ю столкнуться с разочарованиями и печалью их совместного прошлого и настоящего. Другой герой, Сюити

Ёрико Кусумото поддерживает дружеские отношения с Канако Юки. В ходе расследования серии убийств школьниц выясняется, что некоторые обстоятельства указывают на причастность Канако к этим событиям. Тела погибших были расчленены и помещены в коробки. Детектив Сютаро Киба, нанятый матерью одной из пропавших девушек, начинает изучать обстоятельства дела. В процессе работы он обращает внимание на прошлое, которое связывает нескольких участников событий. Киба объединяет усилия с продавцом магазина