Через сто лет после вторжения инопланетных сил на Землю выжившие люди живут в подводных комплексах, называемых Аквабазами. Человечество утратило контроль над поверхностью планеты. Для противодействия оккупантам формируется специальный отряд из пяти женщин. Каждая из них обладает кибернетическими имплантатами, которые дают расширенные физические и боевые возможности. Команда проходит интенсивную подготовку для проведения рейдов и диверсий против инопланетных сил. Основная задача группы -

После завершения конфликта с Ангелами основным противником Nerv становятся люди под руководством организации Seele. Пилот Синдзи Икари находится в состоянии депрессии и нерешительности. Ему предстоит выбор между сохранением человеческой индивидуальности и отказом от неё. Командующий Nerv Гэндо Икари продолжает подготовку к проекту совершенствования человечества. В своих планах он использует Рей Аянами и сущность Лилит. Противостояние между Nerv и Seele приближается к финальной стадии.

Тенти встречает девушку по имени Маюка. Та сообщает, что является его дочерью. Тенти пытается выяснить, кто её мать, откуда она появилась и с какой целью. Параллельно персонажи привыкают к новому члену семьи. Васю, учёный, занимающийся исследованиями, также ищет ответы на эти вопросы. Позже выясняется, что появление Маюки не случайно. Жизнь Тенти оказывается под угрозой. За произошедшим стоит демон по имени Юзуха. Тенти предстоит противостоять этому демону, чтобы спасти свою жизнь. Исход этого