Спустя сто лет после инопланетного вторжения выжившие люди живут на подводных станциях, называемых Аквабазами. Группа из пяти женщин с кибернетическими имплантатами проходит специальную подготовку. Их задача - совершать партизанские вылазки против оккупационных сил. Эти операции направлены на ослабление контроля захватчиков над Землей. Подготовка включает боевые тренировки и отработку тактических манёвров в условиях ограниченного пространства. Женщины действуют как единое подразделение,

После победы над последним Ангелом у Nerv остаётся единственный противник - организация Seele и её сторонники. Пилот Синдзи Икари находится в состоянии депрессии и нерешительности. Ему предстоит выбрать между двумя вариантами: сохранить человеческую индивидуальность и принять существование человечества или отказаться от неё. Этот выбор определяет дальнейшую судьбу мира. Параллельно командующий Nerv Гэндо Икари готовит проект совершенствования человечества. Для его реализации он намерен

Летним днём перед Тенти появляется незнакомая девушка по имени Маюка. Она утверждает, что является его дочерью. Тенти и его окружение пытаются выяснить, кто её мать, откуда она пришла и с какой целью появилась в этот момент. Ни сам Тенти, ни его знакомые не могут дать внятного объяснения. Учёный Васю, известный своими научными достижениями, также занимается поиском ответов на эти вопросы. Первое время Маюка ведёт себя обычно, но обстоятельства её появления остаются неясными. Тем временем