Далёкое будущее. Земля и бо́льшая часть человечества порабощены воинственной империей [[Иллюмидус]]. Харлок [キャプテン・ハーロック] — капитан «Призрачной смерти», космического крейсера, перевозящего беженцев, один из немногих оставшихся противников тирании инопланетных захватчиков — тоже терпит поражение. Подвергшись атаке оккупационных сил Иллюмидуса, он вынужден совершить посадку на одной из захваченных врагами баз Земли. На захваченной Иллюмидусом базе Харлок встречает Тотиро Ояму [大山トチロー], который

Кобру, преступника с пистолетом, встроенным в левую руку, в баре знакомит с женщиной по имени Джейн Роял. Джейн также разыскивает Пиратская гильдия, которую возглавляет Кристальный парень Боуи. Кобра помогает Джейн скрыться от Гильдии и отправиться на поиски её пропавших сестёр. В ходе поисков выясняется, что Джейн может быть ключом к событиям, влияющим на судьбу галактики. Преследование со стороны Гильдии продолжается, и Кобре приходится учитывать этот фактор при планировании дальнейших