В будущем Земля и большая часть человечества находятся под контролем империи Иллюмидус. Капитан Харлок, командующий космическим крейсером «Призрачная смерть», который перевозит беженцев, является одним из немногих противников инопланетных захватчиков. После атаки сил Иллюмидуса его корабль терпит поражение, и Харлок вынужден совершить посадку на одной из захваченных врагом земных баз. На этой базе Харлок встречает Тотиро Ояму. Тотиро показывает ему крупный линкор, построенный по технологиям его

Персонаж по имени Кобра, известный как преступник, использует пистолет, встроенный в его левую руку. В баре он замечает женщину по имени Джейн Роял. На неё также обращает внимание Пиратская гильдия - организация, которой руководит человек по прозвищу Кристальный парень Боуи. Кобра помогает Джейн покинуть Гильдию и отправляется с ней на поиски её пропавших сестёр. В процессе поисков выясняется, что Джейн может обладать информацией или ресурсами, влияющими на состояние всей галактики. Это