В «Макросс Зеро» рассказывается история пилота истребителя, который участвует в войне за объединение всего человечества, разгоревшуюся после падения инопланетного космического корабля на Землю. Син Кудо — один из пилотов недавно сформированного отряда «Череп», состоящего из новейших машин VF-0. Его истребитель терпит крушение на тропическом острове, где люди живут в тесном содружестве с природой. А тем временем в этих краях разворачивается битва, исход которой должен решить судьбу всей войны.

Кэй Кусанаги (草薙桂) всего лишь старшеклассник, который живет с дядей и тетей. Но однажды он увидел, как приземлился корабль инопланетян... Вернее, инопланетянки. И вроде бы все это сон, мальчик часто падает в обмороки, но эта инопланетянка — его новая учительница! Как же учительнице сохранить свой секрет? Надо женить на себе мальчика, чтобы тот ненароком не проболтался. Вот тут-то и начинаются романтические проблемы бедного/счастливого Кэя (草薙桂)...

Кейтаро наконец-то сдал вступительные экзамены и официально является студентом Тоудай. Но после того, как он сломал ногу в результате несчастного случая на церемонии вступления, он задумался и переосмыслил себя. Став перед собой новые цели, Кейтаро отправляется вслед за Нориясу Сэта в зарубежную археологическую поездку. Однако во время его отсутствия в домике Хинаты не все было хорошо. На место происшествия прибывает Урасима Канако Урасима, сестра Кейтаро. Она утверждает, что является новым

Сосукэ Сагара (相良 宗介) — семнадцатилетний военный специалист, работающий на секретную организацию «Мифрил», — был назначен телохранителем одной из «шепчущих» по имени Канамэ Тидори (千鳥 かなめ). Для успешного выполнения своей миссии ему предстоит пройти множество испытаний, сразиться с врагами из своего прошлого и даже... поймать вора трусиков. К сожалению, для Сосукэ самой сложной частью миссии является отнюдь не защита Тидори. Гораздо сложнее ему будет привыкнуть к школьной жизни, ведь он

Юити Айдзава [相沢 祐] уже свыкся с необходимостью постоянных переездов с места на место из-за работы родителей. Последняя командировка и вовсе уносит их ещё дальше от сына, прямиком в Африку. Решено, что Юити до возвращения родителей вернётся в дом своей тёти, который он уже посещал далёкие семь лет назад. Время, прошедшее с последнего посещения городка, уже стёрло окружающих людей из его памяти, а общие воспоминания и полные тепла отношения куда-то испарились. Сильно изменившись, став циничнее и

Альфа [初瀬野アルファ] всё так же живёт в небольшом домике у моря и содержит маленькую кофейню. У неё немного клиентов, но всех их она искренне любит. Но из-за непредвиденных обстоятельств ей пришлось оставить кафе и отправиться в путешествия. Бродя по миру, она побывала во многих замечательных местах и познакомилась с несколькими интересными людьми!