Деревня народа эмиси находится в горах средневековой Японии. Однажды на неё нападает Наго, гигантский вепрь, одержимый ненавистью, превратившей его в демона. Чтобы спасти деревню, сын вождя Аситака убивает проклятое животное, но перед смертью зверь ранит его в руку. Вместе с раной Аситаке передаётся проклятие, которое постепенно разрушает его тело. Согласно традициям племени, он должен быть изгнан, чтобы в изгнании найти путь к исцелению либо погибнуть. Во время странствий Аситака становится

Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои [トオイ・ロンド], который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его.