После применения ядерного и биологического оружия в XX веке экосистема Земли была разрушена. Значительная часть поверхности планеты оказалась загрязнена и превращена в руины, большинство видов растений и животных вымерло. Биосфера приближается к шестому массовому вымиранию, известному как "Большая шестерка". Для сохранения исчезающих видов человечество построило города в небе и переселило туда оставшихся животных и растения. В этих изолированных условиях животные эволюционировали на

Такада переезжает в сельскую местность из-за работы отца. В местной школе одноклассники относятся к ней с настороженностью - они принимают её за божество по имени Матасабуро, которое появляется в начале сезона тайфунов. Такада является обычной девочкой, но внешнее сходство с этим персонажем местных поверий приводит к недопониманию. Жизнь в деревне ей не нравится, она стремится вернуться в город. Ситуация меняется после случайной встречи Такады с богом ветра. Эта встреча становится поворотным

Химэно, ученица третьего класса, переезжает в большой особняк в сельской местности. Вскоре она выясняет, что в доме проживают три ниндзя: Акамаки (красный), Аомаки (синий) и Кииромаки (жёлтый). Эти персонажи ошибочно принимают Химэно за принцессу и начинают помогать ей решать повседневные трудности. Для этого они используют свои индивидуальные способности. Взаимодействие с ниндзя становится частью новой жизни девочки. Ниндзя могут объединяться: при слиянии Аомаки и Кииромаки образуется

Айко проживает в святилище, где находится раздвижная дверь с незавершённой росписью. Она планирует закончить эту работу, когда станет старше. В возрасте 17 лет её повседневная жизнь нарушается появлением незнакомца перед святилищем. Дед Айко, занимающий должность главного священника, предлагает этому человеку временное проживание в храме. Айко сначала возражает против такого решения, но впоследствии замечает, что гость не проявляет агрессии или злого умысла. Со временем Айко начинает