Гинтоки Саката совместно с другими персонажами проводит операцию по освобождению города Эдо от контроля Армии освобождения. Параллельно в космосе Котаро и Тацума при поддержке своих союзников пытаются установить взаимодействие с Шиджаку и Принцем Хатой. К развивающемуся конфликту подключаются и другие персонажи, ранее фигурировавшие в сюжете. По ходу разворачивающихся событий героям приходится преодолевать различные трудности. Результат их действий определяет судьбу планеты и её населения.