Инопланетные захватчики атаковали Землю, используя излучение, уничтожающее живые организмы. С территории их корабля начали появляться чудовища. В результате население городов исчезло, однако функционирование населённых пунктов поддерживается автоматизированными роботами. Главная героиня Рэнгэ Касуми перемещается по пустующим поселениям и занимается поиском выживших людей. В ходе своих странствий Рэнгэ встречает группу девушек, обладающих особыми навыками для борьбы с внеземными существами.

После проведения масштабной операции Силы обороны столкнулись с дополнительными сложностями. У Кафки Хибино прибавилось проблем, однако его основные цели остались прежними: уничтожать кайдзю и подтверждать свою полезность перед товарищами и командованием. Выполнение этих задач усложняется из-за того, что кайдзю демонстрируют прогрессирующее усиление. Дальнейшее развитие событий определяется как внешними обстоятельствами, так и личными стремлениями персонажей. Отношения Кафки с подругой детства

Главный герой по имени Макото Мидзуно — старшеклассник, которого окружающие считают привлекательной девушкой. На самом деле его пол при рождении мужской. Макото привык скрывать этот факт из-за страха быть отвергнутым. Его одноклассница Каори, искренне влюблённая в него, узнаёт правду случайно. Реакция Каори оказывается неожиданной для самого Макото — она принимает эту информацию и продолжает испытывать к нему романтические чувства. Параллельно развивается линия другого персонажа — Рюдзи,