Главный герой Наруто Узумаки возвращается в Деревню Скрытой Листвы спустя три года после событий оригинального сериала. За это время он с друзьями повзрослел и улучшил свои навыки. Команда, ранее состоявшая из Наруто, Саскэ и Сакуры, переформировывается — место ушедшего Саскэ занимает молодой ниндзя по имени Сай. Новая группа получает название «Команда Какаши» и продолжает выполнять миссии под руководством Какаши Хатаке. В деревне Коноха вновь обостряются старые разногласия, берущие начало со