Действие происходит через два года после событий, описанных в игре Final Fantasy VII. Мир постепенно восстанавливается после катастрофы, произошедшей в оригинальной истории. В этот период появляется новая угроза - болезнь под названием Геостигма, поражающая людей. Одновременно с этим возникают три загадочных персоны, чьи цели связаны с поиском биологического образца Дженовы. Клауд Страйф, один из ключевых участников предыдущих событий, сталкивается с необходимостью вновь объединить своих