Действие происходит в Европе XIX века. Студент Джон Уотсон завербован службой разведки в качестве секретного агента. В этом мире наука достигла значительного прогресса в промышленности - создание гомункулов поставлено на поток. Эти существа с мертвым телом и искусственной душой используются в качестве солдат и рабочей силы в различных сферах. Уотсона направляют в Афганистан в роли военного медика. Его дополнительная задача - выяснить обстоятельства происходящих событий и раскрыть тайну,

Разразилась война с террором. Буквально за день Сараево было уничтожено самодельным ядерным устройством. Ведущие демократические государства превращаются в государства тотального надзора, и развивающийся мир захлёбывается под волной геноцида. Похоже, за разрушением мировой системы стоит таинственный американец Джон Пол. На агента разведки Клэвиса Шеперда [クラヴィス・シェパード] возложена задача выследить в руинах цивилизации Джона Пола [ジョン・ポール] и найти истинное сердце тьмы — орган геноцида.