Мальчик Соскэ находит золотую рыбку и называет её Поньо. Он помещает её в банку с водой и начинает заботиться. Со временем он замечает, что присутствие Поньо сопровождается необычными явлениями. Вскоре за рыбкой приходит её отец - могущественный волшебник, живущий на дне океана. Он насильно возвращает Поньо в подводное царство. Таким образом раскрывается, что Поньо не обычная рыбка, а дочь морского волшебника. В заточении Поньо хочет превратиться в человека. Её попытки изменить свою природу