Брюс Уэйн вновь оказывается в феодальной Японии после повторного сбоя хронотехнологии, использованной в предыдущем конфликте. Вместе с ним переносятся несколько союзников и противников из Готэма, включая Робина, Джокера, Харли Квинн и Двуликого. Персонажи распределяются по разным регионам Японии. Бэтмен попадает на территорию, контролируемую кланом ниндзя, которые находятся в состоянии войны с организацией якудза. Якудза использует современное вооружение и тактики, что даёт им значительное