Старшеклассники Дзёгоро Кобато и Юки Осанаи после конфликтной ситуации на выпускном церемонии принимают решение начать учёбу в старшей школе с нуля. Их цель — вести тихий и незаметный образ жизни, избегая любого лишнего внимания. Для этого персонажи заключают между собой негласное соглашение: быть «маленькими гражданами», то есть людьми, которые не привлекают к себе внимание и стараются не попадать в проблемные ситуации. Однако их стремление к спокойному существованию неоднократно нарушается.