Сто девушек, которые очень-очень-очень-очень-очень сильно тебя любят 3 сезон

Главный герой - старшеклассник, который неожиданно обнаруживает, что его одноклассница принадлежит к древнему клану ниндзя. Девушка ведет двойную жизнь: в школе она выглядит обычной ученицей, но за ее пределами выполняет задания своего клана. Юноша становится свидетелем одного из таких заданий, после чего его втягивают в дела клана. Ему приходится скрывать эту информацию от других учеников и учителей, а также помогать девушке в ее миссиях.

По мере развития событий выясняется, что клан девушки находится в конфликте с конкурирующей организацией. Главный герой оказывается между двумя сторонами, так как его собственное происхождение связано с этой враждой. Он начинает обучаться основам ниндзюцу, чтобы защитить себя и свою одноклассницу. Третий сезон показывает, как их отношения усложняются из-за новых обстоятельств, а прошлое героя постепенно раскрывается, влияя на дальнейшие события.