Синий архив

События происходят в Кивотосе, городе, который состоит из множества академий, управляемых Генеральным студенческим советом. Президент совета исчезает, после чего в городе начинается беспорядок. Генеральный студенческий совет обращается за содействием в Федеральное бюро расследований S.C.H.A.L.E., созданное президентом незадолго до его пропажи. Руководителем организации становится Сэнсэй — учитель, прибывший в город по приглашению президента и не имеющий полной информации о происходящем.

Вступив в должность главы S.C.H.A.L.E., Сэнсэй получает первое задание — помочь ученикам академии Абидос предотвратить закрытие их школы. Для этого необходимо разобраться в причинах угрозы и найти способ её устранить. Параллельно Сэнсэй и его подопечные сталкиваются с другими проблемами города, которые могут быть связаны с исчезновением президента студенческого совета. Дальнейшие события включают попытки спасти академию и выяснить обстоятельства произошедшего в Кивотосе.