Некий научный Рейлган S

Микото Мисака, эспер пятого уровня из Академия-Сити, узнает, что ее ДНК, взятое в детстве, использовали для создания тысяч клонов. Эти клоны были выращены в рамках эксперимента по получению эспера шестого уровня — сильнейшего в городе. В ходе эксперимента множество копий, к которым Микото относилась как к сестрам, были уничтожены.

Во втором сезоне сериала «Рейлган» раскрываются последствия этого эксперимента. Показаны испытания, с которыми сталкиваются Микото и ее подруга Куроко Сираи. Сюжет сосредоточен на их попытках справиться с ситуацией и защитить оставшихся клонов.