Команда учёных-ниндзя Гатчамен II

Через два года после восстановления мира на Земле лидер организации Галлактор Сосай Икс возвращается. Он атакует круизный лайнер "Куин Маргарет", топит его и похищает одну из выживших - четырехлетнюю девочку Сэмми Доктор Пандора. Сосай Икс насильно превращает ее в Джельсадору, нового генерала Галлактора. Синдикат восстанавливает силы и начинает захватывать военных и научных экспертов. В ответ на это ИСО возрождает свою первую линию обороны - Кагаку Ниндзятай.

Однако ситуация осложняется тем, что Кондор Дзе пропал без вести и считается погибшим. Наличие нового оружия и транспортных средств не компенсирует потерю ключевого члена команды. Доктор Кодзабуро Намбу решает проблему, привлекая в команду нового G-2 по имени Гетц Ястреб. Команда находится в растерянности и вынуждена адаптироваться к изменившимся обстоятельствам, чтобы противостоять возрожденной угрозе.