Карточные бои Авангарда: Неоновый Мессия

События фильма разворачиваются после завершения сериала «Карточные бои Авангарда: Товарищество легиона». Персонажи Айти Сэндо и Тосики Кая продолжают участвовать в карточной игре, ставшей частью их повседневной жизни. Такуто Тацунаги объявляет турнир по приглашениям, в котором должны принять участие сильнейшие игроки «Авангарда» со всего мира. Цель турнира, по заявлению организатора — предотвратить разрушение мира. Главный приз соревнования — карта «Гармоничный Мессия».

Одновременно с турниром по миру происходит серия исчезновений воинов, использующих карты «Авангарда». За этими исчезновениями стоит Кодзи Ибуки. Айти Сэндо и Тосики Кая оказываются перед необходимостью выяснить его мотивы и остановить возможную угрозу. Успех их действий определит, удастся ли предотвратить разрушение и одержать верх над Ибуки.