Ящик предложений Мэдаки: Сверхлюди

Мэдака Куроками занимает пост главы студенческого совета академии Хаконива. Она установила ящик для предложений, куда студенты могут круглосуточно оставлять свои просьбы о помощи. Вместе с членами совета - Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Моганой Кикайдзимой - она рассматривает обращения, связанные с разнообразными проблемами в академии, включая как необычные явления, так и личные вопросы учащихся. Деятельность совета охватывает любые ситуации, требующие вмешательства, независимо от их характера.

В дальнейшем в сюжете появляются новые персонажи и противоборствующие стороны. Организация под названием «План Икс» начинает активные действия, направив своего агента, лидера комитета общественной нравственности Мёри Унзэн, на противостояние Мэдаке. Дополнительная линия связана с председателем Хакама Ширануй, который стремится установить контроль над Мэдакой и учениками класса 13. Эти события создают несколько параллельных конфликтов, влияющих на развитие истории.