Ямато навсегда: Мятежник 3199

События аниме «Учуу Сенкан Ямато 2205: Аратанару Табидачи» разворачиваются в 2205 году и продолжают сюжет предыдущей части. Экипаж космического линкора «Ямато» отправляется в новый дальний поход. Перед командой стоит задача исследовать сектор космоса, где была обнаружена аномалия, связанная с исчезновением нескольких разведывательных кораблей. В состав экспедиции входят специалисты разных профилей, а также военные подразделения для защиты миссии. Старт проходит штатно, однако вскоре выясняется, что аномалия имеет искусственное происхождение.

По мере приближения к цели экипаж сталкивается с сопротивлением неизвестной фракции, которая контролирует этот сектор. Переговоры не дают результатов, стороны переходят к активным действиям. В ходе боевых столкновений выявляются слабые места в оснащении «Ямато», что вынуждает команду искать нестандартные решения. Личные конфликты внутри экипажа усиливаются на фоне стресса, влияя на координацию действий. Интрига сохраняется до конца: истинная цель аномалии раскрывается только в финале, меняя представление о конфликте и ставя под сомнение мотивы обеих сторон.