Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После победы над последним Ангелом у Nerv остаётся единственный противник - организация Seele и её сторонники. Пилот Синдзи Икари находится в состоянии депрессии и нерешительности. Ему предстоит выбрать между двумя вариантами: сохранить человеческую индивидуальность и принять существование человечества или отказаться от неё. Этот выбор определяет дальнейшую судьбу мира. Параллельно командующий Nerv Гэндо Икари готовит проект совершенствования человечества. Для его реализации он намерен использовать Рей Аянами и Лилит. Его цель - осуществить личный замысел, связанный с этим проектом. Действия Гэндо вступают в противоречие с позицией Seele, что создаёт дополнительный конфликт.

Фильм «Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона» служит альтернативным финалом последних эпизодов телесериала «Евангелион нового поколения». Сюжет разворачивается после поражения последнего Ангела, когда основное противостояние переходит из области борьбы с Ангелами в сферу человеческих конфликтов. Seele стремится завершить собственный сценарий развития событий, Гэндо Икари преследует личные цели, а Синдзи оказывается перед необходимостью принять решение. Кульминацией становится финальное столкновение, исход которого определяет будущее человечества. В фильме детально показаны мотивы ключевых персонажей и механизмы реализации проекта совершенствования.