Дневник будущего: Повторный набор

События разворачиваются после завершения оригинального сериала. Главные герои - хранители дневников - снова появляются в сюжете. Бог Деус Ex Machina до сих пор не определился с порядком избрания нового бога, хотя оставшееся время ограничено. Юно Гасай из третьего мира начинает воспринимать воспоминания Юно из первого мира. Она существует с ощущением утраты чего-то важного, но не способна вспомнить, что именно или кого потеряла. Это состояние вызывает у девушки беспокойство.

Вопрос заключается в том, к чему приведет возвращение памяти. Возможны три варианта развития: начало новой игры, начало конца или благополучное завершение истории. Ход событий зависит от того, вспомнит ли Юно утраченное и как это повлияет на окружающих.