Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы

Самурай в маске убивает пять человек в Японии: троих в Токио, одного в Осаке и одного в Киото. В ходе расследования полиция устанавливает, что все убитые были членами Гендзиботару - банды, специализирующейся на краже буддийских статуй и артефактов. Дело не раскрывается из-за отсутствия мотива и подсказок о других участниках. Позже храм в Киото получает анонимное письмо с головоломкой. Монахи обращаются к детективу Когоро Мори за помощью в её решении, надеясь вернуть давно утерянную статую.

Конан Эдогава и школьный детектив Хэйдзи Хаттори объединяются для расследования. Хаттори также ищет свою любовь детства. Используя знания Хаттори о Киото, они исследуют улицы и постепенно выясняют обстоятельства. Убийца совершает новое преступление - убивает другого члена Гендзиботару. После нескольких покушений на жизнь Хаттори преступник похищает его возлюбленную детства. Конан и Хаттори должны совместно найти скрытые улики, чтобы остановить убийцу и спасти девушку.