Безграничный Фафнир

После появления существ, названных драконами, мир претерпел значительные изменения. Вскоре стали рождаться девушки, способные управлять драконами. Эта способность получила название «Д». Для обучения таких девушек была основана женская академия Мидгар. В это учебное заведение поступает Ю Мононобэ — единственный парень, обладающий силой «Д». Его существование и способности содержатся в строгом секрете. В первый же день в академии происходит происшествие: Ю сталкивается с ученицей по имени Ирис и видит её обнажённой.

Позже Ю выясняет, что в академии также обучается Мицуки — его младшая сестра, с которой они были разлучены в детстве. Таким образом, сюжет строится вокруг поступления парня с секретной силой в женскую академию, его первого конфликта с одной из учениц и последующего воссоединения с сестрой. Дальнейшее развитие событий связано с его адаптацией в академии, взаимодействием с обладательницами «Д» и выяснением обстоятельств появления драконов и природы собственной способности.